Code:

int main(void) 
{
   // PWM LED
   int iteration = 0;
   uchar colorState = 0;
   // PWM LED
   // Set pins to output
    DDRB|= _BV(REDLED);
   DDRB|= _BV(GREENLED);
   DDRB|= _BV(BLUELED);

   // VUSB   
   wdt_enable(WDTO_1S);
   usbInit();
   
       uchar delayIteration = 20;
        while(delayIteration){ //300 ms disconnect, also allows our oscillator to stabilize
              _delay_ms(1);
              delayIteration--;
       }
        sei(); 

    for(;;) /* main event loop */
    {    
      // VUSB
      wdt_reset();
      usbPoll();
            
      if (iteration==INTERATION_MAX)
      {
         int nbrMessage;
         for (nbrMessage =  buffer[0];nbrMessage>0;nbrMessage--)
         {   
            wdt_reset();

            PORTB &= ~(1<<REDLED);
            PORTB &= ~(1<<GREENLED);
            PORTB &= ~(1<<BLUELED);

            // !!!!!!!!! Here !!!!!!!!!!!!!
            // I lost the connection after one write if I leave this delay and the other after.
            _delay_ms(500);  

            PORTB |= (1<<REDLED);
            PORTB |= (1<<GREENLED);
            PORTB |= (1<<BLUELED) ;

            // !!!!!!!!! Here !!!!!!!!!!!!!
            _delay_ms(500); 
          }
         iteration=0; 
      }
    }
    return 0;
}